Обнаружили, что ЛИ не мог сохранять большого размера файлы настроек на сервер, а в сочетании с плагином геозон и большим количеством зон в плагине это может привести к утере настроек плагина. Так что при установке версии плагина с FTP (с поддержкой хранения настроек на сервере), советую также поставить ЛИ из папки Beta оттуда же.